จำแนกลักษณะโมเลกุลที่ไม่มีชีวิตในอวัยวะของเมาส์ พวกเขาระบุโมเลกุลให้ได้มากที่สุดโดยการเปรียบเทียบกับโครงสร้างอ้างอิงในฐานข้อมูล ซึ่งเป็นแหล่งเก็บข้อมูลมวลสารมวลสารที่พัฒนาและผู้ทำงานร่วมกัน พวกเขายังพิจารณาว่าจุลินทรีย์ที่มีชีวิตชนิดใดที่อยู่ร่วมกับโมเลกุลเหล่านี้โดยการเรียงลำดับบริเวณพันธุกรรมเฉพาะที่ทำหน้าที่เป็นบาร์โค้ดสำหรับแบคทีเรียชนิดต่างๆ

อวัยวะที่แตกต่างกันจากหนูปลอดเชื้อโรคสี่ตัวและหนูสี่ตัวที่มีจุลินทรีย์ปกติ ผลที่ได้คือแผนที่ของโมเลกุลทั้งหมดที่พบทั่วร่างกายของเมาส์ปกติที่มีจุลินทรีย์และแผนที่ของโมเลกุลทั่วเมาส์ที่ไม่มีจุลินทรีย์การเปรียบเทียบแผนที่แสดงให้เห็นว่ามากถึงร้อยละ 70 ของสารเคมีในลำไส้ของหนูถูกกำหนดโดย microbiome ในลำไส้ แม้ในอวัยวะที่อยู่ห่างไกลเช่นมดลูกหรือสมองโมเลกุลประมาณ 20 เปอร์เซ็นต์ก็แตกต่างกันในหนูที่มีจุลินทรีย์ในลำไส้